水利部于2004年发布了《入河排污口监督管理办法》（水利部令第22号），标志着建设项目入河排污口设置论证制度在我国正式建立和全面实施。开展建设项目入河排污口设置论证，分析入河排污口有关信息，在满足水功能区保护要求的前提下，论证入河排污口设置对水功能区、水生态和第三者权益的影响；根据水域纳污能力、排污总量控制、水生态保护等要求，提出水资源保护措施，优化入河排污口设置方案，为各级环保主管部门审批入河排污口以及建设单位合理设置入河排污口提供科学依据，以保障生活、生产和生态用水安全。